Desde las asesorías de Biología y Geología el Cefire CTEM proporciona formación metodológica, actualización científica, recursos y orientaciones en las líneas prioritarias del PAF. Fundamentalmente priorizamos la formación en innovación educativa desarrollando cursos desde una perspectiva CTEM interdisciplinar (cursos de prácticas de laboratorio de Biología asistidas por Arduino), en actualización científica (incluyendo los cursos de prácticas de laboratorio, mapas y cortes geológicos, utilización de los museos como herramienta formativa y metodología científica), y en proyectos colaborativos con otras entidades (Fundació Oceanogràfic con proyectos APS en torno al mar; Universidad de Murcia mediante el uso de órganos plastinados para el estudio de la anatomía humana).
Una de las líneas de trabajo más destacada es la sostenibilidad, colaborando con el CEACV en la impartición de cursos y diseñando una red de centros sostenibles que se soporta en los diferentes seminarios y redes ya existentes en el ámbito de la comunidad. Ésta tiene como objetivo provocar un cambio en los centros participantes, de modo que el alumnado tome decisiones para transformar su centro y se convierta en protagonista y partícipe de la toma de decisiones. Toda esta formación concluye en una jornada (CONFINT) de presentación de experiencias donde los alumnos y alumnas se postulan como elegibles para eventos a nivel nacional e internacional, representando a nuestra comunidad en ESenRED (Red de redes de centros sostenibles a nivel nacional apoyada por el CENEAM).

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