El Col·legi Pou de la Muntanya va entrar en funcionament el curs 1976-1977. En aquella època, en plena transició democràtica, Dénia comptava solament amb el col·legi Cervantes com a únic col·legi públic de la ciutat.
La seua inauguració es va produir el 18 d’octubre de 1976. El seu primer director va ser Rafael Marsal Armell.
El seu nom, Pou de la Muntanya, l’adquireix de l’antic pou, encara existent, que servia d’aigua els conreus del terme més propers al Montgó i que dona nom al camí que puja cap a aquest cim emblemàtic de la comarca.
Oficialment va ser creat, com a col·legi nacional, per Decret del Ministeri d’Educació i Ciència de 12 de novembre de 1976.
Se li donà caràcter comarcal per ordre del Ministeri de 27 de juliol de 1977 amb 640 llocs, 16 unitats d’E.G.B, 1 de pàrvuls, 2 d’Educació Especial i DFD.
Per resolució de la subsecretaria del Ministeri, passà a ser mixte amb efectes de 31 de desembre de 1977.
Va ser el primer col·legi de Dénia en realitzar l’ensenyament en valencià. La primera promoció d’alumnes amb l’ensenyament íntegrament en valencià fou la compresa entre els anys 1982-1993.
Oficialment es reconegué la línia en valencià per part de Conselleria en l’any 1990.
L’autorització per implantar el 2n cicle d’infantil va arribar l’any 1994.
La implantació del programa d’informàtica a l’escola és del curs 1997-1998 i tenim pàgina web des de l’octubre de 2002.
Va ser dels primers col·legis de la comarca en incorporar a les classes la pilota valenciana. Actualment compta amb 12 unitats d’educació primària i 7 d’educació infantil. El número d’alumnes autoritzat és de 468.
L’any 2016 vam adoptar el model organitzatiu de jornada escolar continuada (classes pel matí i activitats per la vesprada). El mateix any vam participar en el nostre primer projecte Erasmus+, en la modalitat KA2 (Associacions estratègiques entre escoles).
Durant el curs 2023/24 es va inaugurar el nou aulari d’Infantil, traslladant les antigues aules del col·legi El Rodat al recinte de l’Avinguda del Montgó. Quedava així tancada una de les reivindicacions històriques de l’escola, poder educar als xiquets i xiquetes en un mateix espai. El mateix any, es va afegir a l’oferta educativa la classe de 2 anys d’Infantil.
Les persones que han ostentat la direcció del centre durant aquests anys han estat: Rafael Marsal, Salvador Salort, Manuel Vives, Regina Alemany, Ferran Martínez, Sergi Mallol i, actualment, Empar Bustos.