Els orígens del nostre centre escolar es remunten als centres, Pare Manjón (Pedania de València, La Torre), aquest col·legi tenia una Unitat d'educació especial i Vila Amparo (Alboraia), íntegre d'educació especial, quan aquests eren dependents del Patronat Municipal d'Educació Especial.

En 1986, l'Ordre de 16 de Juny, extingeix el Patronat Municipal d'Educació Especial, de manera que aquests centres s'incorporen com a centres públics d'Educació Especial de Règim Ordinari.

Posteriorment, en l'Ordre de 15 de Desembre de 1986, per la qual es posen en funcionament els Centres Públics creats pel D 110/ 1986, es produeix el canvi de denominació de Pare Manjón a CEE M. Professor Sebastián Burgos.

Poc temps després es publica la construcció d'un centre d'Educació Especial,  en El Saler, en el DECRET 80/1987, de 9 de juny.  En 1988 es produeix un desglossament de quatre unitats del C.P.E.E Vila Amparo, situat a  Alboraia, a favor de CEE Sebastián Burgos que canviarà d'ubicació de la C/ Arquebisbe Company , 91 de València, al nou centre construït en el Saler. Finalment al gener de 1989 se signa l'acta de recepció provisional del nou edifici. La història del nostre centre va estar des de llavors i durant vint-i-un anys, lligada a la mar.

Prop d'un entorn natural han passat moltes generacions d'alumnes/as. Però la seua deterioració, el seu allunyament del centre urbà, la corrosió pròpia de la seua proximitat a la mar i les inundacions en els dies de temporal feien inevitable el seu tancament i la construcció d'un centre nou ben situat en un barri de la ciutat. Així en elcurso 2010-2011 s'inaguró l'actual edifici, situat en el barri de la Torre.