El IES José Rodrigo Botet fue nombrado como Sección Mixta del Lluis Vives de València, el 15 de octubre de 1964 (BOE 11/nov/64). En el año 1969, empieza a funcionar como Instituto de Bachillerato independiente, y pocos años después recibirá el nombre de un célebre Maniser denominado José Rodrigo Botet. Por aquel tiempo era el único instituto de la comarca. Durante años fue la institución donde muchas generaciones de Manises y de los pueblos de los alrededores estudiaron BUP y COU.
A finales de los 90, con la entrada en vigor de la LOGSE, el Centro pasó a denominarse IES José Rodrigo Botet y se empezaron a implantar gradualmente y en años sucesivos la ESO (con la obligatoriedad de escolarización hasta los 16 años), el Bachillerato LOGSE y dos Ciclos Formativos de grado Superior de la familia de Informática. Desde aquellos años se han producido muchos y variados cambios que han afectado tanto a las instalaciones (inauguración del nuevo edificio, curso 1999-2000), a las numerosas Leyes Orgánicas de Educación) e incluido, en el perfil del alumnado (hoy en día principalmente en línea en valenciano)
Hay que remarcar en su historia , el ser unos de los primeros Centras en implantar una línea de Plan de Enseñanza en Valenciano (PEV, curso 79/80) , esto vino a dar una continuidad a la línea , ya empezada en Manises, del CP Fèlix Rodríguez de la Fuente .