El Centro se creó con el nombre de Instituto de Formación Profesional de Santa Pola por Decreto de la Generalitat Valenciana de fecha 18/07/88 (DOGV de 25/07/1988) por transformación de la sección de Formación Profesional del Instituto Politécnico de Elche (ahora IES Sixto Marco). Con anterioridad había estado adscrito al Instituto Politécnico de Alicante (ahora IES Cavanilles). Comenzó a funcionar durante el curso 1988/1989 con las siguientes familias profesionales de primer grado:

• Hostelería y Turismo: especialidad Cocina
• Administrativa y Comercial: especialidades Secretariado i Administrativa
• Automoción: especialidad Mecánica del Automóvil

I las familias de segundo grado:

• Administrativa y Comercial: especialidades Comercial y Administrativa

• Hostelería y Turismo: especialidad Hostelería, que comenzó el curso 1990/91

Por Decreto de la Generalitat Valenciana de fecha 2/09/97(DOGV de 08/09/1997) cambia su denominación a la de Instituto de Enseñanza Secundaria, implantándose el tercer curso de la Educación Secundaria Obligatoria en el curso 1997/1998.

Por Orden de la Conselleria d'Educació de 28/10/1999 (DOGV de 10/12/1999) se le atribuye, a propuesta del Consejo Escolar del centro, la denominación actual IES Cap de l'Aljub, que es el nombre con el que se conocía el puerto de Santa Pola después de la conquista cristiana, según un documento del Rey Jaume I del 15 de febrero de 1269.

Directoras i Directores del Centro (orden cronológico)

• Antonio López Farinós

• Emma Cazorla

• Justa Rodríguez de Guzmán Giménez de los Galanes

• José Manuel Pastor Lillo

• Yolanda Tremiño Adsuar

• Ángel Andrés Lillo Lumbreras