Dada la importancia del sistema de archivos en una distribución GNU/Linux, es indispensable que un sistema operativo como LliureX cuente con el software necesario para gestionar los ficheros y las carpetas. Este software se suele denominar de forma genérica «administrador de archivos» o «explorador de archivos». Todas las versiones de LliureX han tenido un explorador de archivos instalado por defecto, normalmente es un programa que ya viene incluido en el conjunto de aplicaciones que forman parte del sistema de escritorio. En las primeras versiones de LliureX, con el escritorio Gnome, el administrador de archivos se llamaba Nautilus, en la versión 16 de LliureX, Nautilus se sustituyó por el administrador del escritorio Mate denominado Caja, y ahora, con Plasma como sistema de escritorio, el explorador instalado por defecto a LliureX 19 se llama Dolphin.
