Los orígenes de nuestro centro escolar se remontan a los centros, Padre Manjón (Pedania de Valencia, La Torre), este colegio tenía una Unidad de educación especial y Villa Amparo (Alboraya), íntegro de educación especial, cuando éstos eran dependientes del Patronato Municipal de Educación Especial.

En 1986, la Orden de 16 de Junio, extingue el Patronato Municipal de Educación Especial, de modo que dichos centros se incorporan como centros públicos de Educación Especial de Régimen Ordinario.

Posteriormente, en la Orden de 15 de Diciembre de 1986, por la que se ponen en funcionamiento los Centros Públicos creados por el D 110/ 1986, se produce el cambio de denominación de Padre Manjón a CEE M. Profesor Sebastián Burgos.

Poco tiempo después se publica la construcción de un centro de Educación Especial,  en El Saler, en el DECRETO 80/1987, de 9 de junio.  En 1988 se produce un desglose de cuatro unidades del C.P.E.E Villa Amparo, situado en  Alboraya, a favor de CEE Sebastián Burgos que cambiará de ubicación de la C/ Arzobispo Company , 91 de Valencia, al nuevo centro construido en el Saler. Finalmente en enero de 1989 se firma el acta de recepción provisional del nuevo edificio. La historia de nuestro centro estuvo desde entonces y durante veintiún años, ligada al mar.

Cerca de un entorno natural han pasado muchas generaciones de alumnos/as. Pero su deterioro, su alejamiento del centro urbano, la corrosión propia de su proximidad al mar y las inundaciones en los días de temporal hacían inevitable su cierre y la construcción de un centro nuevo bien ubicado en un barrio de la ciudad. Así en elcurso 2010-2011 se inaguró el actual edificio, situado en el barrio de La Torre.