L’IES Juan de Garay comença la seua marxa en el curs 1965-1966 com dues seccions delegades dels Instituts Luis Vives (masculí) i Sant Vicent Ferrer (femení). Transcorregut el primer curs escolar, l’institut es va independitzar com a Institut de Batxillerat i es van eliminar les barreres físiques que separaven als alumnes de les alumnes. Durant molts anys aquest institut, situat en la perifèria de la ciutat, va estar en el centre dels moviments renovadors de l’ensenyament mitjà valencià.

En la dècada dels huitanta, la massiva utilització del centre escolar i la falta de manteniment van fer peremptòria la necessitat de reformar-ho en profunditat. Les aules estaven obertes quinze hores al dia, amb tres torns i una mitjana de 1.600 alumnes. Durant el curs 1987-1988, es va ampliar la superfície construïda, es van estendre les pistes esportives als terrenys confrontants amb el Centre de Sordmuts, però va continuar mantenint un doble torn docent, per excés d’alumnat, fins al dia de hui, transformat ja en “Institut d’Ensenyament Secundari”.

En l’actualitat el Centre compta amb al voltant de 1000 alumnes, però a causa de la gran quantitat de mesures d’atenció a la diversitat, per les quals hui dia es distingeix (desdobles, agrupacions flexibles, grups d’àmbits, grups de PMAR, de diversificació curricular, …), i a la falta d’infraestructures educatives suficients en el barri, segueix sense tindre espais suficients per a poder funcionar en un sol torn.
Les instal·lacions es van renovar fa 28 anys però des de llavors han estat sotmeses a l’esmentat doble torn (el que en un altre institut suposaria 56 cursos de funcionament), per la qual cosa es fa necessari de nou una remodelació del centre.