El IES Juan de Garay empieza su marcha en el curso 1965-1966 como dos secciones delegadas de los Institutos Luis Vives (masculino) y San Vicente Ferrer (femenino). Transcurrido el primer curso escolar, el instituto se independizó como Instituto de Bachillerato y se eliminaron las barreras físicas que separaban a los alumnos de las alumnas. Durante muchos años este instituto, situado en la periferia de la ciudad, estuvo en el centro de los movimientos renovadores de la enseñanza media valenciana.

En la década de los ochenta, la masiva utilización del centro escolar y la falta de mantenimiento hicieron perentoria la necesidad de reformarlo en profundidad. Las aulas estaban abiertas quince horas al día, con tres turnos y una media de 1.600 alumnos. Durante el curso 1987-1988, se amplió la superficie construida, se extendieron las pistas deportivas a los terrenos colindantes con el Centro de Sordomudos, pero continuó manteniendo un doble turno docente, por exceso de alumnado, hasta el día de hoy, transformado ya en “Instituto de Enseñanza Secundaria”.

En la actualidad el Centro cuenta con alrededor de 1000 alumnos, pero a causa de la gran cantidad de medidas de atención a la diversidad, por las cuales hoy en día se distingue (desdobles, agrupaciones flexibles, grupos de ámbitos, grupos de PMAR, de diversificación curricular, …), y a la falta de infraestructuras educativas suficientes en el barrio, sigue sin tener espacios suficientes para poder funcionar en un solo turno.
Las instalaciones se renovaron hace 28 años pero desde entonces han sido sometidas al mencionado doble turno (el que en otro instituto supondría 56 cursos de funcionamiento), por lo cual se hace necesario de nuevo una remodelación del centro.