Donada la importància del sistema de fitxers en una distribució GNU/Linux, és indispensable que un sistema operatiu com LliureX compte amb el programari necessari per a gestionar els fitxers i les carpetes. Aquest programari se sol denominar de forma genèrica «gestor de fitxers» o «explorador de fitxers». Totes les versions de LliureX han tingut un explorador de fitxers instal·lat per omissió, normalment és un programa que ja ve inclòs en el conjunt d’aplicacions que formen part del sistema d’escriptori. En les primeres versions de LliureX, amb l’escriptori Gnome, el gestor de fitxers es deia Nautilus, en la versió 16 de LliureX, Nautilus es va substituir pel gestor de fitxers de l’escriptori Mate anomenat Caja, i ara, amb Plasma com a sistema d’escriptori, l’explorador instal·lat per omissió a LliureX 19 es diu Dolphin.
