Los origens del colegio arrancan el 1 de febrero de 1.930, fecha en la cual, en sesión extraordinaria, se aprueba el expediente de construcción de un grupo escolar de 12 unidades( 6 de chicos y 6 de chicas), que se ubicaría en las calles Legionario Bernabeu y Cavanilles, con un presupost de 297.857'04' ptas., edificado por el propio ayuntamiento, con una subvención del Estado equivaliendo a 10.000 ptas. Por unidad escolar. La primera piedra se posó durante La Feria de octubre.
HISTÒRIA DEL CENTRO
El antiguo Colegio Nacional Joaquín Costa fue inagurat el 14 de abril de 1.934, 3 años después de que se proclamara la II República, por el alcalde Vicente Palmer, aunque empezó a funcionar el 1 de noviembre de 1.933. El primer director de este centro va se Julian Uribe.
En 1.926 solo existía a Gandia una unidad escolar a cargo de una maestra con casi dos mil alumnos. En un contexto en que las órdenes religiosas monopolizaban la enseñanza lo Sant Francesc de Borja fue el primer colegio laico de grado en tiempo de la II República.
El centro se había constituido como grupo en 1.927 y mientras duraron las obras, las clases se impartieron en el Colegio de las Ursulinas ( monjas francesas), en el paseo de las Germanías ( que fue abandonado por estas en 1.931).El 22 de septiembre de 1.939, en plena Guerra Civil, el Ayuntamiento decidió sustituir el nombre de Joaquín Costa por el de San Francisco de Borja, considerando los indiscutibles méritos que concurren en tan il·llustre Hijo de esta Ciudad.
El inmoble fue diseñado por el arquitecto José Pedrós. Hoy el edificio disfruta de una protección parcial, la valla que delimita el perímetro no se puede modificar e incluso hay árboles catalogados como los pinos y las dos palmeras de la entrada que son de la época original.
En el año 1.972 se añadió un aulario en la parte de atrás perpendicular a la fachada que después se derrocó en la rehabilitación.
Para citar a algunos conocidos que pasaren por nuestro centro podemos destacar el periodista Xavi Blasco, el futbolista Raúl Bravo, el médico Palonés o Eladia Fenollar' que fue Fallera Mayor.