Les comissions mixtes són una de les formes més habituals de participació en les Comunitats d’Aprenentatge. És una forma de portar endavant una autèntica participació lliure i democràtica en els procesos de decisió. Aquestes comissions, per respectar el principi democràtic i de participació que comentàvem en les bases teóriques del projecte, deuen ser obligatòriament mixtes, és a dir, no formades tan sols per un sector de la Comunitat Educativa. És més, deuen estar formades al menys per els sectors d’alumnat, families i professorat en parts iguals, amb el mateix poder de participació i decisió. Les comissions també poden estar obertes al voluntariat implicat en algunes activitats concretes o a altres persones que tinguen alguna cosa a dir sobre temes específics. El més important ací és l’argumentació i el consens, no la posició que cadascú ocupe. Cada comissió s’encarregarà de realitzar, coordinar, supervisar i evaluar de manera constant algun aspecte o activitat concreta. El Consell Escolar ratificarà a aquestes comissions per a que així puguen gaudir d’autonomia i capacitat de decisió. “Todos los sectores sociales y culturales pueden participar y aportar sus ideas e iniciativas desde sus propios mundos de la vida y todas las personas pueden desarrollar sus culturas e identidades compartiendo el mismo proyecto y aprendiendo unas de otras” (Elboj y otros, 2002:77)
El treball de totes les comissions es coordinarà a travès de la Comissió Gestora. On participarà al menys un membre de l’equip directiu i un representant de cada comissió. La bona tasca d’aquesta comissió és clau per a que aquest projecte es desenvolupe al voltant dels principis que el sustenten. Baix d’aquest sistema de comissions cal aprendre noves formes de relació i col·laboració fins ara inexistents. Per a aconseguir aquest sistema d’organització, hem de crear estructures noves on participen tots. En una assemblea on participa tota la Comunitat Educativa, es seleccionen les prioritats a les què la Comunitat Educativa vol dedicar de manera conjunta el màxim esforç. Al voltant d’aquestes prioritats es formen les comissions. Aquestes deuen ser ents independents i democràtics, i es recomanable que en elles participen membres de tota la comunitat educativa, que s’ofereixen voluntaris per aquest fi. Tenint com a única ferramenta de treball el diàleg igualitari.