La Secció de l'IES Clot del Moro (Jaume I) va nàixer l'any 2001. La seua creació apareix publicada en el Diari Oficial de la Generalitat Valenciana (DOGV) del dia 18 de juliol d'eixe any. Dels estudis de planificació educativa, efectuats per la Conselleria de Cultura i Educació, es va concloure la necessitat de crear a la població de Sagunt un nou centre per a impartir els ensenyaments d'Educació Secundària establerts en la llei orgànica 1/1990, d'Ordenació General del Sistema Educatiu (LOGSE)
El nou centre de secundària es va preveure com una transformació del Col·legi Públic Jaume I, ja que les previsions indicaven un increment de la demanda de llocs escolars en Educació Secundària, al temps que una reducció progressiva en l'Educació Primària.
El nostre centre va funcionar de manera provisional fins juliol de 2011 ocupant les instal·lacions de l'antic Col·legi Públic Jaume I, situades al carrer de Llíria, mentre es concretava la construcció del nou centre a la zona nord del Palància. Finalment, després d'anys de retards i de mobilitzacions per part de tota la comunitat educativa, s'inicia el curs 2011-2012 a les noves instal·lacions, situades en una parcel·la entre l'avinguda Palmosa i el carrer Pont Romà.
Durant tots estos anys, el centre ha anat evolucionant i definint uns trets característics, una identitat pròpia que l'ha definit bàsicament com un centre que aposta pel valencià, per la internacionalització (amb la participació en nombrosos projectes europeus Erasmus) i per la inclusió educativa. Així, des del curs 2016-2017 duem a terme una col·laboració molt intensa amb el Centre d'Educació Especial (CEE) de Sant Cristòfol i tenim una aula combinada gràcies a la qual, un grup d'alumnes del CEE desenvolupen la seua jornada escolar de matí al nostre centre. Com a evolució d'esta aposta de centre per la inclusió, des del curs 2018-2019 tenim un Programa Formatiu de Qualificació Bàsica (PFQB) de Llanterneria en la modalitat d'Educació Especial