És l’1 de setembre de 1998 quan, després de dos anys d’intenses i, de vegades, complicades reunions entre els diferents sectors de la comunitat escolar a Benetússer i els responsables de la Conselleria de Cultura i Educació, i en compliment de l’aplicació de la LOGSE, s’inaugura l’IES Benetússer com a secció de l’IES 25 d’Abril d’Alfafar, en les instal·lacions de l’antic CP ‘Villar Palasí’.
El que en un principi va començar com un centre de 8 unitats d’ESO, a causa de la forta demanda de places es va transformar en un centre de 12 unitats, i per tant s’hagueren d’habilitar 4 aules prefabricades al pati.
Preveient aquesta situació d’ofegament estructural del centre que impossibilitava el seu creixement, ja en el curs 2001 – 2002, un entusiasta grup de membres de la comunitat escolar del centre encapçalà un moviment amb l’objectiu de convèncer els distints responsables de les administracions locals i autonòmiques de la necessitat de la creació i construcció d’un nou IES.
Després de 4 anys de reunions i negociacions , va ser en el mes d’agost de 2006 quan es va col·locar la primera pedra d’aquest nou IES (un centre de 24 unitats d’ESO i 6 de Batxillerat). La seua inauguració i posada en funcionament va ser al 2009.