La Sección del IES Clot del Moro (Jaime I) nació en 2001. Su creación aparece publicada en el Diario Oficial de la Generalitat Valenciana (DOGV) del día 18 de julio de ese año. De los estudios de planificación educativa, efectuados por la Consellería de Cultura y Educación, se concluyó la necesidad de crear en la población de Sagunto un nuevo centro para impartir las enseñanzas de Educación Secundaria establecidos en la ley orgánica 1/1990, de Ordenación General del Sistema Educativo (LOGSE).
El nuevo centro de secundaria se creó como una transformación del Colegio Público Jaime I, puesto que las previsiones indicaban un incremento de la demanda de lugares escolares en Educación Secundaria, al tiempo que una reducción progresiva en la Educación Primaria.
Nuestro centro funcionó de manera provisional hasta julio de 2011 ocupando las instalaciones del antiguo Colegio Público Jaime I, situadas en la calle de Llíria, mientras se concretaba la construcción del nuevo centro a la zona norte del Palancia. Finalmente, después de años de retrasos y de movilizaciones por parte de toda la comunidad educativa, se inicia el curso 2011-2012 a las nuevas instalaciones, situadas en una parcela entre la avenida Palmosa y la calle Pont Romà.
Durante todos estos años, el centro ha ido evolucionando y definiendo unos rasgos característicos, una identidad propia que lo ha definido básicamente como un centro que apuesta por el valenciano, por la internacionalización (con la participación en numerosos proyectos europeos Erasmus) y por la inclusión educativa. Así, desde el curso 2016-2017 llevamos a cabo una colaboración muy intensa con el Centro de Educación Especial (CEE) de San Cristófol y tenemos una aula combinada gracias a la cual, un grupo de alumnos del CEE desarrollan su jornada escolar por la mañana en nuestro centro. Como evolución de esta apuesta de centro por la inclusión, desde el curso 2018-2019 tenemos un Programa Formativo de Calificación Básica (PFQB) de Fontanería en la modalidad de Educación Especial.